埃弗顿受到极大的打击，由于失去了参加高水平比赛的机会，大批优秀球员不得不另谋出路。
1988-89赛季获得了英格兰足总杯的亚军，直到1994-95赛季乔·罗伊勒接手球队，在他带队的第一年，就率领球队杀入英格兰足总杯决赛，并在决赛中一举击败强敌曼联，使该队第五次举起英格兰足总杯奖杯。
包揽2009年2月最佳教练和最佳球1995-96赛季，是埃弗顿队在英超的最佳时光，凭借俄罗斯人安德烈·坎切尔斯基的出色表现，该队最终取得第六名，然而队内又开始出现不和谐因素，显示主力前锋邓肯·弗格森与主帅乔·罗伊勒不知，后有青年国脚尼克·巴姆比状态下滑，球队实力下降。罗伊勒却不合时宜的卖掉许多1994-95赛季的主力队员，在圣诞节前后，该队遭受了联赛六连败，而此时坎切尔斯基与罗伊勒爆发了舌战，最终坎切尔斯基转回去了意大利佛罗伦萨，1997年2月离开了球队之后的五个赛季中，球队的成绩不断下滑，几乎每个赛季都是勉强保级，不过自从1954年后就从未从顶级联赛中降级过。
2001年莫耶斯接手埃弗顿队之后，这只英超中游球队已经在英超牢牢站稳了脚跟，并且每一年都有进步，让传统四强感受到前所未有的压力。鉴于莫耶斯的优良表现，获得了英超教练协会颁发的英超最佳教练三次。而在2008-2009赛季埃弗顿队获得了英超联赛的第五、英格兰足总杯亚军的好成绩，在2009-10赛季也取得了英超第八名的成绩。
2002年3月开始执教埃弗顿队，共带队参加比赛五百零八场，二百一十三胜、一百三十六场平、一百五十九负，胜率达到了百分之四十二，莫耶斯自接手球队之后，将埃弗顿这支资金匮乏并常年挣扎在保级泥潭中的球队打造成一支稳定在联赛中上游的劲旅，曾四次将埃弗顿带入欧洲赛场。
2012-13赛季结束后执教球队十一年的大卫·莫耶斯成为了为曼联队的主教练，带领维冈竞技获得足总杯冠军的罗伯托·马丁内斯成为球队的新任主教练。
2013-14赛季俱乐部这个赛季的盈利额达到了创纪录的两千八百二十万英镑，营业额为一点二五亿英镑，相比2012-13赛季这一数据上升了百分之三十九，当然收入的增加主要原因还是球队的骄人战绩，球队在2013-14赛季在主帅马丁内斯的率领下打破了一系列的记录，最终名列英超联赛第五名，这也使俱乐部在电视转播的分成中收入两人八千六百万英镑，而广告、销售等俱乐部营收也从七百六十万英镑上涨到八百四十万英镑。
2014-15赛季因2013-14赛季在英超联赛中排名第五，在该赛季角逐欧罗巴联赛，在这个赛季埃弗顿引进了二十一岁的波黑小将穆罕默德·贝西奇，此外还有从米尔顿凯恩斯加盟的后场卢克·加布特，在前场方面从切尔西租借引进加纳小将克里斯蒂安·阿特苏等人，可以说实力还是有所提升的。